Универ по определению состоит из разнонаправленных факультетов, а у институтов этого нет. Грубо говоря,наверно, можно его назвать одним факультетом. В институтах отрасль обучения узкая, в отличие от универа.
Но ты прав, что сейчас что ни попадя называют университетом, посему различия уже и стираются. Но вообще разница велика. имхо